Eemnes-Buiten krijgt met de stadsrechten in 1352 ook een nieuwe Sint Nicolaaskerk, die de oude houten kerk vervangt. In 1481 brandt de kerk en bijna de hele stad af, als gevolg van de Hoekse en Kabeljauwse twisten. In 1521 begint men met de bouw van een nieuwe kerk die in 1525 klaar is. De kerk wordt in 1574 door de Spanjaarden in brand gestoken. De kap en het tongewelf zijn verwoest. De kerk wordt snel herbouwd, waarschijnlijk gebruik makend van de oude steunberen. Dit is de huidige Grote Kerk of Sint Nicolaaskerk.

In het begin van de 15e eeuw loopt Eemnes over naar Holland. Het leger van de bisschop roept de burgers tot de orde en ter verzoening krijgt Eemnes-Binnen in 1439 na Eemnes-Buiten ook stadsrechten en het recht een kerk te bouwen, de huidige Petruskerk of Pieterskerk. Het wordt een eenbeukige bakstenen kerk. In 1637 maakt Evert Splinter uit Enkhuizen twee klokken voor de kerk. De ambachtsheer van Eemnes heeft in deze kerk een eigen gestoelte. Vanaf 1711 heeft hij het recht de predikant aan te stellen.

De RK Sint Nicolaaskerk (Wakkerendijk 60, Eemnes-Binnen) is een ontwerp van architect N.J. Kamperdijk en dateert uit 1845. Voorheen was hier in de directe nabijheid een 'schuilkerk', die in 1845 buiten gebruik is geraakt en later is gesloopt.

De langgerekte kerk heeft een ingebouwde toren waartegen de pastorie aansluit. In het klokkenspitsje een klok van Petit en Fritsen uit 1892, diameter 72 cm.